La Commission intergouvernementale exerce ses missions conformément à l’article 10 du traité de Cantorbéry. Dans le domaine de la sécurité elle bénéficie des conseils du Comité de Sécurité (article 11 du traité) et dans le domaine de la sûreté elle travaille en coordination avec le « Comité binational de Sûreté ». Elle a aussi un rôle d’organisme de contrôle.